游泳者身体与池水直接接触，池水会进入人嘴内，如果池水不卫生，会引起眼、耳、鼻、喉、皮肤和消化器官等疾病。严重者会引起伤寒、霍乱、梅毒、赤痢等病的传染。同时池水还会受到游泳者自身所带细菌的污染，故必须设置池水消毒杀菌装置。传统的消毒方法有氯化消毒、臭氧消毒、照射消毒和碘化消毒。当今常用的消毒方法通常为前两者即氯化消毒和臭氧消毒。氯化消毒常规消毒剂有氯（通常为液氯）、次氯酸钠、二氧化氯、氯胺、漂白粉、漂白精和氯片等。
     氯化消毒的特点是：
     1） 杀菌效果好；
     2）有持续消毒功能。
      缺点是：
      1） 有气味并对眼和呼吸道有刺激作用；
     2） 对池子结构、设备和管道有腐蚀作用；操作管理水平要求高，否则会发生安全事故；
     3） 长期与池水接触会使人的头发变色发黄，影响美观；
     4） 最为严重的、几乎公认的是，氯化消毒的氧化过程中产生的氯的衍生物可能是致癌物质，在谈癌色变的今天，尤其令人畏惧。宜谨慎用之。目前氯化消毒法常用的消毒剂有氯（通常为液氯）、次氯酸钠和二氧化氯，氯胺、漂白粉、漂白精和氯片在非简易游泳池项目中已极少使用。臭氧消毒的特点：
      1）反应快、投量少，臭氧能迅速杀灭扩散在水中的细菌、芽孢、病毒且在很低的浓度时既有杀菌灭活作用；
     2）适应能力强，在PH5.6-9.8，水温0-37℃的范围内，对臭氧的消毒性能影响很小；
     3）在水中不产生持久性残余，无二次污染；
     4）臭氧的半衰期很短，仅二十分钟；
     5）能破坏水中有机物，改善水的物理性质和器官感觉，进行脱色和去嗅去味作用，使水呈蔚蓝色，而又不改变水的自然性质。 
 臭氧消毒的缺点：
      1）臭氧不易溶于水中，且不稳定，故其无持续消毒功能，应设置氯消毒与其配合使用，
      2）臭氧在池水中不允许超过0.01mg/l；空气中不允许超过0.001mg/l；